Все очень просто - посмотрите разрешение вашего экрана, например 1366x720 пикселей. Тогда если верстка сайта идет без макета - так сказать - "на глаз" - то ориентируйемся по размерам экрана в пикселях.
Например, хэдер хотим сделать примерно 1/8 от высоты экрана. Тогда 720/8 - будет 90 пикселей. Выставляем при верстке высотру хэдера 90 пикселей, а дальше уже визуально смотрим - нравится или нет и лиьо уменьшам либо увеличиваем. Это при верстке БЕЗ макета на глаз.
В случае когда есть графический макет сайта. Тогда идет Попиксельная верстка. Все размеры и отступы берутся из макета, например, линейкой измеряются в фотошопе. Цвета и свойства также берутся из макета.
В курсе HTML/CSS преподаватель в качестве макета-образца сайта, использует готовый уже свертанный сайт. И в уроках старается сделать также. При этом берет вначале выставляет свойства-отступы и размеры "на глазок" - смотрит что получилось, устраивает или нет, а также сверяется с макетом. В итоге пролучает нужный вариант верстки.
Итогово:
1) При верстке по макету - все значения размеров, отступов, цветов, теней и т.п. задает дизайнер при создании дизайн-макета. Верстальщик переносит эти значения в верстку максимально приближенно к макету.
2) При верстке "на глаз" - вы сами в голове представляете что хотите получить, делаете верстку, смотрите что получается, корректируете что нравится что нет. Понимание размеров и отступов при этом приходит со временем - вы уже будете понимать - в чем разница будет рамки в 1 пиксель и в 3 пикселя, отступы нулевые, 5 пикселей или 20 пикселей. Есть некоторые стандарты, которые приходят в практикой. Плюс нужно отсматривать разные крутые топ сайты с точки зрения их реализации, вдохновляться и изучать как они сделаны.
Верстальщик может не ставить задачей понимание принципов дизайна (включая отступы, цвета и т.п.) а верстать чисто технически по макету. Это уже от вас зависит.