Как раз так работает автоматическое присвоение id записи - у вас в базе/таблице установлен для поля id параметр AUTO_INCREMENT - вы можете это увидеть если нажмете вкладку Структура для таблицы.
Изменить автоматически присваиваемый номер, можно вручную в параметрах таблицы - вкладка Операции -> Параметры таблицы -> поле AUTO_INCREMENT
Цвелом погуглите на эту тему Auto Increment и как оно работает, чтобы понять как с ним работать не вручную а через код, если нужно и т.д..
Но как я понимаю, что например у вас несколько таблиц взаимосявязанных. И вы например удалили запись из одной талицы, но при этом для нее остались связанные данные в других таблицах. И поэтому те же id удаленных записей лучше не использовать, так как могут возникнуть ошибочные данные, т.е. новая запись привяжется к старым данным оставшимся от удаленной записи. Поэтому AUTO_INCREMENT по умолчанию работает так чтобы не было таких пересечений и номера ID удаленных записей не использует при создании новых.