Если есть макет и делается попиксельная верстка по макету - то в макете в фотошопе например замеряется линейкой размер элементов и прописывается в коде нужный. Такие технологии верстки по макетам например смотрите в курсе Веб-разработчик 2020 здесь есть на beonmax
Если без макета - тогда визуально подбираем, увеличиваем и уменьшаем и смотрим как выглядит хорошо, как нам нужно. Ну и естественно мы понимаем что размер сайта например 900px в ширину и соотносим с этим размеры элементов, отступы и т.д.
Для кнопки паддинг 8пх означает 8 сверху и снизу плюс размер шрифта например 14. Итого выходит высота кнопки 30пх. Мы, например, изначально прикидывали примерно 30пх высоту кнопки взять, поэтому и взяли 8пх отступа. Или наоборот, если шрифт 14, ну отступ берем 8-10 чтобы нормально было. Вообщемто методом "полутыка" выходит.))
Как итог - основной показатель - это макет и размер всех элементов и отступов на макете, если верстаем попиксельно по макету. Основной показатель - визуально как нам нравится и как нам нужно, если верстаем для себя без макета.